È possibile regolarizzare l'errata applicazione del regime ordinario invece dello Split Payment, o viceversa, l'applicazione della scissione dei pagamenti quando non dovuta, se l'IVA non risulta ancora versata, tramite l'emissione di note di variazione.

Nel caso in cui, invece, l'IVA risultasse già erroneamente versata, anche se al momento non vi sono documenti di prassi, data la complessità della norma, si ritiene che possa essere applicato quanto previsto in sede di prima introduzione del regime di cui all'art. 17-ter del DPR 633/72.

All'epoca dell'originaria applicazione del meccanismo dello Split Payment infatti, le circolari dell'Agenzia Entrate n.1/E e n.15/E, facevano salvi i comportamenti adottati e non applicavano sanzioni relative alle modalità di versamento dell'IVA, purché l'imposta risultasse corrisposta all'Erario.