Il motore di calcolo ISA integrato nei gestionali (fornito da Sogei alle software house) espone risultati diversi, a partirà di elementi, da quelli ottenuti utilizzando l'applicazione web dell'Agenzia delle Entrate "Il tuo ISA". Ne consegue che se si utilizza l'applicazione web dell'Agenzia delle Entrate i risultati sono attendibili, mentre se si utilizza il motore interno al software in uso (come avviene nella grande maggioranza dei casi), gli indici proposti possono non essere corretti, restituendo risultanti inferiori a quelli reali, e dunque proponendo valori inerenti eventuali adeguamenti non corretti.

Lo ha reso noto il direttore generale di Assosoftware che, dalle pagine del Sole24Ore del 26 giugno 2019 consiglia, in attesa della dovuta correzione da parte di Sogei, di sospendere le elaborazioni effettuate con i motori interni ai programmi gestionali.